يتكون مجلس أمناء التحالف الوطني، من خمسة وعشرين عضوًا لمدة أربعة سنوات تنتخب منهم الجمعية العامة من بين أعضائها واحد وعشرين عضوًا، على النحو الآتي:

-       رئيس مجلس الأمناء.

-       نائب رئيس مجلس الأمناء

-       أمين الصندوق.

-       ثمانية عشرة عضوًا.

ويصدر قرار من رئيس الجمهورية بتعيين الأربعة أعضاء الباقين من ذوي الخبرة في مجال العمل الأهلي.

  وتجـرى الانتخابات بطريـق الاقتراع السـري فـي جلسـة علنيـة وذلك وفقا للإجـراءات التي تحددها لائحة النظام الأساسي.

ووفقا للمادة (12) من قانون التحالف مجلس الأمناء هو السلطة المسئولة عـن شـئونه، وتصـريـف أمـوره، وإدارة الأعمـال والأنشطة التي يتولاهـا، ولـه أن يتخـذ مـا يـراه لازمـا مـن قـرارات لتحقيق أغراضه، ولـه علـى الأخص ما يأتي:

1. تنفيذ السياسات العامة والخطط الرئيسية التي تقرها الجمعية العامة.

2. إعـداد لائحـة النظـام الأساسـي للتحـالف، ولـوائح الشئون الإداريـة والتجارية والفنيـة والمالية، وغيرها من اللوائح التنظيمية العامة المنظمة لشئون التحالف.

3. التعـاون مـع المؤسسات والمنظمات الدوليـة والأجنبيـة العاملـة فـي مجـالات التنميـة والعمل الأهلي، وفقا للضوابط التي تحددها لائحة النظام الأساسي.

4. اقتـراح ميثـاق أخلاقـي لأعضـاء التحالف بمـا يضـمن توحيـد جـهـودهم لخدمـة الفئـات المستهدفة في المجتمع.

5. إنشاء فروع ومكاتب التحالف في المحافظات الأخرى.

6. ضـم أعضـاء جـدد للتحالف على النحـو المبين بلائحـة النظام الأساسي، بعـد موافقـة رئيس الجمهورية.

7.  تحديد أوجه استثمار أموال التحالف وعوائد استثماراته.

8. إعداد مشروع الموازنة السنوية للتحالف وحساباته الختامية.

9. تأسيس أو المساهمة في تأسيس شركات وصناديق استثمار خيريـة مرتبطـة بأهـداف التحالف وأنشطته.

10.  فتح حساب بنكي أو أكثر تودع فيها موارده.